Jusix est située sur une presqu’île formée par les bras de la Garonne, qui l’entourent à l’ouest, au sud et à l’est. Cette position est à la fois un avantage et un inconvénient pour sa croissance : les alluvions du fleuve rendent les terres fertiles, mais les crues sont souvent sources d’inondations.
Sa toponymie laisse penser qu’elle est occupée dès l’Antiquité, mais aucune trace archéologique ne permet de le confirmer. Une paroisse est attestée sur son territoire au début du Moyen Âge, entraînant la construction d’une église. Celle-ci est placée comme cure du diocèse de Bazas jusqu’à la Révolution.
L’église paroissiale Saint-Jean-Baptiste est construite sur le territoire de la paroisse de Jusix au Moyen-Age. Située non loin de la Garonne, elle doit continuellement subir les caprices du fleuve avant que la décision ne soit prise, au début du XIXe siècle, de la déplacer.
En effet, en 1811, l’édifice est submergé par les eaux. L’éventualité d’un déplacement en zone moins risquée devient une nécessité. Par ordonnance de l’évêque d’Agen le 27 juin 1816, le site est transféré au lieu dit La Caillaudière. Le projet, confié à l’architecte marmandais Lespinasse Generie, est approuvé par le conseil municipal l’année suivante. La nouvelle église est construite entre 1819 et 1920 avec le minimum de frais et en remployant les pierres de l’ancienne église.