La Vallière traversait autrefois à l'air libre la ville de Lons le Saunier
Elle a été couverte vers la fin des années 1950 par Paul SEGUIN, notamment pour des raisons de salubrité puisque les eaux usées s'y rejetaient directement.Les travaux s’échelonnent entre 1941 et 1943 entre la rue des Salines et la rue Saint-Désiré. Il faudra attendre 1953 pour que la Vallière soit recouverte par les actuels quais Thurel et avenue de la Marseillaise. Les travaux se poursuivront petit à petit jusqu’en 1969.
Après avoir été bétonnée, la Vallière disparaît au parc des Bains pour ressurgir à Juraparc.
À ce jour, il ne subsiste plus qu'un vieux pont (le pont de la Guiche). Dans la traversée lédonienne seul un tronçon situé un peu avant le parc des bains est resté à découvert.
Deux collecteurs parallèles de 3 200 mm de diamètre ont ainsi été réalisés dans le lit de la Vallière.A partir de 1970, un de ces collecteurs a été affecté à la collecte des eaux usées, le second étant conservé pour la rivière.