L'origine du nom de la commune de Fontaine-Guérin vient du nom de Guérin de Fontaine.
En 1063, un seigneur Guérin de Fontaine fait le pèlerinage à Compostelle. Cette famille qui donne son nom au village, est très active pendant la guerre de Cent Ans. Les "Fontaine" dont les derniers descendants, se heurtèrent aux Anglais pendant cette guerre. Hardoin de Fontaine se battit, son fils Guérin mourut au Vieil-Baugé en 1421, son aîné Jean périt à Cravant en 1423.
Les "Bueil", le plus connu étant le poète Racan, 27ème membre de l'académie Française.
Les "Rouillé" organisèrent une poste centralisée et eurent un ministre sous Louis XV.
L'activité principale de la commune reste l'agriculture : maïs, millet, tournesol, graines et semences.