Śnieżne Kotły są doskonałym przykładem występowania alpejskiego krajobrazu w Karkonoszach. W ich obrębie występuje wiele chronionych i rzadkich gatunków roślin. Występuje tu skalnica śnieżna (gatunek endemiczny, jest to jedyne stanowisko w Europie Środkowej). W tzw. Żlebie Bazaltowym w Małym Śnieżnym Kotle w związku ze specyficznym skalnym podłożem obserwuje się największą bioróżnorodność roślinną na obszarze Karkonoszy. Jedyne w Polsce, oprócz Tatr, stanowisko ma tu paproć rozrzutka alpejska, występuje też tam jedyne na świecie stanowisko podgatunku skalnicy darniowej, tzw. bazaltowej (Saxifraga moschata basaltica). W Kotłach liczne są rzadkie gatunki flory alpejskiej i arktycznej, m.in. sasanka alpejska, pierwiosnek maleńki, wawrzynek wilczełyko, tojad mocny, róża alpejska, modrzyk górski, zimoziół północny (relikt epoki lodowcowej). Na skałach moreny rosną najstarsze rośliny Karkonoszy – porosty miseczkowate, Rhizocarpon lecanorium, mające ponad 600 lat.