Třicetiletá válka (1618–1648) byl evropský ozbrojený konflikt, známý především jako vyvrcholení sporů mezi římskokatolickou církví a zastánci vyznání, která vznikla po reformaci v 16. století, tedy kalvinismem a luteránstvím. Neméně důležitou příčinou války byl také boj evropských zemí o politickou nadvládu.
Smečenský pán Jaroslav Bořita z Martinic po své defenestraci 23. května 1618 emigroval do Pasova. Jeho panství, jehož součástí byly Čelechovice, mu bylo odebráno a jeho nově jmenovaní správci měli panství přehlédnout a sepsat a připravit jej k rozprodeji. Ale sled událostí byl tak rychlý, že k prodeji ani nedošlo. Pan Jaroslav Bořita z Martinic se na své panství po bitvě na Bílé hoře vrátil. Pro dalších téměř deset let, až do saského vpádu v roce 1631, zavládl na celém smečenském panství klid. Sasové ovládli celý slánský kraj v roce 1631 - 1632. Obyvatelstvo trpělo drancováním jak armádou saskou, tak císařskou. Největší škody pak způsobila v roce 1634, kdy do slánského kraje vtrhla jak vojska saská tak švédská, která táhla ku Praze. A zakrátko se tudy valilo císařské vojsko pronásledující ustupující nepřátelské armády. Poslední ranou byl vpád švédských vojsk na slánské panství, kdy bylo opět vydrancováno a vypáleno. O Čelechovicích se z té doby nezachovalo žádných zpráv. Lidé v té době, ve snaze si zachránit holý život, utíkali do lesů a do opevněných míst. Známý regionální historik Václav Šváb píše: "Svlékali lidi doslovně ze šatů, brali jim obilí a vše, co považovali za cenné, zahřívali se při ohních, kde topili nejen ploty, vraty a dřevěným nádobím, nýbrž i nábytkem a okenicemi a hospodářským nářadím. Rozřezávali lidem peřiny a peří zašlapávali do hnoje nebo pouštěli do větru, ba i úly včeliček hubili dýmem."
Kolem roku 1650 se začalo s obnovou vydrancovaného panství. Byli vyhledáváni zběhlí poddaní, ale jen málokterý měl odvahu se vrátit a začít hospodařit z ničeho. V Čelechovicích bylo berními komisaři ve smečenské části napočítáno 7 pustých usedlostí a ves byla podle poznámky v berní rule "všechna spálena". V části patřící ke mšeckému panství byl zachován pouze mlýn. Podle urbáře z roku 1681 je jasné, že se obec zase začala postupně obnovovat.