Les historiens estiment que l’église de Loon est très ancienne et date de 1604, à un moment où la commune ne comportait pas plus de mille habitants. A la fin du 19ème siècle, la population a plus que doublé, ce qui oblige le curé à procéder à trois messes le dimanche.
En 1833, le clocher menace ruine. L’ouragan du 29 novembre 1836 dégrade les toitures, les vitraux de l’église et du presbytère. Mais en fait, c’est l’édifice tout entier qui se délabre entraînant travaux et dépenses disparates. Il devient urgent de l’agrandir et de la rénover… L’idée est lancée en 1862, mais il faut attendre 1888 pour que le projet d’une nouvelle église soit mis à l'étude.
Les travaux débutent au printemps 1892. En octobre 1893, la nef et le chœur sont terminés, à l’ouest de la tour ancienne qui est intégrée à la nouvelle bâtisse. Le tout est achevé en 1899.
Aujourd’hui, de l’église originelle il ne reste que sa tour.