Les ouvrages datent des XVIIIe et XIXe siècles pour maintenir le niveau du plan d'eau et du quai de chargement de Bernouët.
La Boutonne est une rivière autochtone qui traversait l'antique sylve d'Agenson, dont il reste deux principales reliques ; la foret de Chizé et la foret d'Aulnay
Déjà, au Moyen Âge, la Boutonne était utilisée comme artère de communication pour le trafic fluvial de marchandises mais son rôle est toujours resté secondaire par rapport à la Charente. Saint Jean d'Angely en était le principal centre de batellerie dont les liaisons fluviales étaient étroitement associées à celles du port de Tonnay-Charente.
Plus tard, vers la fin du XVIIIe siecle, pendant l'intendance de Guéau de Reverseaux, la rivière bénéficia de très importants aménagements avec l'empierrement du port de Saint-Jean-d'Angély, au site de Bernouet, la remise en état des écluses et des barrages ainsi que des berges.
Cet aménagement se poursuivit au début du siècle suivant, où le port de Saint Jean d'Angely fut modernisé afin d'approvisionner Rochefort, alors le grand port militaire de la côte Atlantique. Le trafic fluvial sur la Boutonne consistait en céréales, cognac et vins, bois d'œuvre et poudre à canons embarqués à bord de gabares. Ces différentes productions étaient acheminées dans les ports de Tonnay-Charente pour les eaux de vie qui étaient exportées vers la Grande-Bretagne et de Rochefort pour fournir la marine de guerre en bois de construction, en poudre à canons et en denrées alimentaires (vins de Saint-Jean-d'Angély et céréales).
L'ouverture d'une ligne ferroviaire dès janvier 1878 reliant directement Taillebourg à Saint Jean d'Angely, puis le déclassement de la rivière en tant que voie navigable par le Plan Freycinet de 1878-1879 mirent fin à l'activité fluviale de la Boutonne au tournant du XXe siècle.
Sur tout son bassin et ses affluents, de nombreux moulins parsemaient son cours. La particularité des meuniers de la Boutonne était qu'ils possédaient presque tous deux moulins, l'un à eau et l'autre à vent, pour pallier les périodes récurrentes de sécheresse qui ont toujours sévi sur le bassin.
Aujourd'hui, quelques activités de loisirs ont lieu sur la Boutonne dont la peche et le canoe-kayak, cette dernière discipline étant pratiquée de manière sportive, notamment au bassin de slalom de Bernouët à Saint Jean d'Angely. Le tourisme se développe avec l'implantation de terrains de camping à ses abords (Dampierre-sur-Boutonne, Saint Jean d'Angely et Tonnay-Boutonne), d'un village vacances à Tonnay-Boutonne et grâce à quelques sites majeurs comme le Zoodyssée de Chizé, le Chateau de Dampierre-sur-Boutonne et le centre historique de Saint Jean d'Angely (monuments historiques dignes d'intérêt comme la Grosse Horloge, les maisons à pans de bois, la fontaine Renaissance, Musée des cordeliers, Centre de culture européenne dans les locaux remarquablement restaurés de l'Abbaye royale…).
La Boutonne est une rivière encore parsemée de nombreux ouvrages hydrauliques souvent peu entretenus. Les moulins qui, par leurs déversoirs, régulaient autrefois le niveau de la rivière ont en majorité disparu, et c'est une des raisons pour lesquelles la rivière connaît des périodes d'assèchement parfois plus importantes qu'autrefois. Face à une gestion des travaux sur les ouvrages difficiles à orchestrer (les propriétaires ne sont toujours pas prêts ou ne sont pas en mesure de dépenser de l'argent dans l'entretien de leur patrimoine), les utilisateurs de l'eau sur le bassin (agriculture, pèche, tourisme) sont contraints à mettre en place de nouveaux ouvrages tels que des bassins privatifs, ou encore des retenues collinaires pour stocker l'eau de l'hiver afin de l'utiliser l'été.
Une association "Sauvegarder la Boutonne" représentée par un noyau d'acteurs citoyens ayant en commun leurs intérêts et leurs attachements à cette rivière s'est créée avec le projet de faire réparer les ouvrages servant à la navigation à partir de Saint-Jean-d'Angély pour faire revivre l'époque où des embarcations descendaient la rivière au fil de l'eau jusqu'au confluent avec La Charente.
Actuellement la navigation doit s'arrêter en amont du Barrage de Carillon car celui-ci ne possède pas d'écluse permettant le franchissement du barrage. À marée basse le lit de la rivière en aval ressemble à un torrent fougueux avec une faible profondeur.