Kościół farny p.w. św. Tomasza Apostoła jest najokazalszym budynkiem w Nowym Mieście Lubawskim i jego okolicach. Zachowana obecnie średniowieczna budowla jest trójnawową bazyliką z podniesioną nawą środkową i z wysoką wieżą w elewacji zachodniej. Lokacja Nowego Miasta w 1325 roku pozwala przypuszczać, że najstarsza część prezbiterium powstała ok. 1330 roku (dobudowana do kościoła drewnianego) tzn. dwuprzęsłowa sala z przyporami, posiadająca dwa okna od południa i jedno od północy. Jest to część dzisiejszego budynku przylegająca bezpośrednio do południowej ściany zakrystii.
Mury miejskie są zbudowane z analogicznej cegły jak najstarsza część prezbiterium, natomiast bramy miejskie posiadają cegłę identyczną z murami naw kościoła. Pierwotnie prezbiterium nakryte było dwuprzęsłowym, prostym sklepieniem krzyżowym, z którego zachowały się cztery wsporniki kamienne (wapień) oraz ślady łuków przyściennych, widoczne najbardziej na ścianie południowej. Prezbiterium rozbudowano trójbocznie od strony wschodniej w XV wieku. Obecnie prezbiterium nakryte jest pozornym, drewnianym sklepieniem kolebkowym pochodzącym z końca XVI wieku. Budowa naw trwała dłużej niż rozbudowa prezbiterium. Budowę ich rozpoczęto od strony zachodniej, wznosząc najpierw ściany zewnętrzne; przy budowie ściany północnej i południowej użyto do wys.3 metrów obok cegły również i polnych kamieni. Rozpoczęcie budowy naw nastąpiło około 1350 r. Podstawową formą sklepienia nawy środkowej jest czteroramienna gwiazda na prostokącie zbliżonym do kwadratu z żebrami poprzecznymi w poszczególnych przęsłach, podzielona jeszcze przez trzy promieniście rozchodzące się żebra. Budowa sklepienia nawy środkowej miała miejsce w XVI wieku. Obie nawy boczne nakryte są sklepieniami krzyżowymi opartymi na skąpo profilowanych wspornikach kamiennych.
Trójnawowy kościół św. Tomasza Apostoła w Nowym Mieście Lubawskim z wbudowaną osiowo od zachodu wieżą i wielobocznie zamkniętym prezbiterium, podobny jest do licznych miejskich i wiejskich kościołów wznoszonych na dawnych ziemiach krzyżackich po 1330 roku. Kościół wznoszono etapami, co wynikało z posiadanych środków pieniężnych. Zleceniodawcą był Zakon, który posiadał prawo patronatu i finansował budowę.
Najważniejsze zabytki parafii to: dekoracje malarskie na ścianach prezbiterium z II połowy XIV wieku, gotycka płyta nagrobna Kunona von Liebenstein z 1392 roku, polichromowana rzeźba drewniana z końca XIV wieku przedstawiająca Chrystusa na krzyżu (pasja), epitafium proboszcza nowomiejskiego ks. Ewertowskiego z połowy XVIII wieku, późnorenesansowy pomnik nagrobny wojewody Mikołaja Daszyńskiego z XVII wieku, cudowna figura Matki Boskiej Łąkowskiej z XV wieku, dekoracja malarska drewnianego stropu prezbiterium z początku XVII wieku.
Kościół farny p.w. św. Tomasza Apostoła, mocą dekretu „Sacra Congregatio pro Cultu Divino” papieża Pawła VI, od 21 października 1971 roku nosi godność Bazyliki Mniejszej, a od roku 2012 jest również Kolegiatą.
Jak podaje jeden z portali turystycznych: „To najładniejszy kościół w warmińsko - mazurskim. Jeżeli nawet nie najładniejszy, to na pewno jeden z najładniejszych i najbardziej cennych pod względem historycznym i architektonicznym. Wewnątrz unikalne zabytki sztuki sakralnej, m.in. mosiężna płyta nagrobna wójta Kunona von Liebensteina z 1391 roku i piętnastowieczna kamienna Pieta.”.