Jde o autora více než dvou set odborných prací (předmětem jeho výzkumu jsou fotometrie a spektroskopie hvězd, meziplanetární hmota a astročásticová fyzika) i celé řady populárně naučných knih a vzdělávacích pořadů. Napsal též mnoho článků v novinách či na internetu a často vystupuje v rádiu a televizi. Od roku 1966 každý rok sestavuje přehled nejdůležitějších astronomických objevů uplynulého roku pod názvem Žeň objevů, který prezentuje na přednáškách a následně zveřejňuje tiskem (nejprve v časopise Říše hvězd, později Kozmos).

Za svoji vědeckou, ale především popularizační činnost, získal mnoho cen. V roce 2011 získal nejvyšší ocenění České astronomické společnosti, Cenu Františka Nušla,a o rok později obdržel Medaili Učené společnosti České republiky za „přínos české i mezinárodní astronomii a obecné vědě a jejímu šíření“. V roce 1996 získal Jiří Grygar za "přínos k interpretaci úlohy vědy při službě společnosti, obohacování jejího kulturního dědictví a řešení problémů lidstva" cenu UNESCO Kalinga. Byla po něm pojmenována planetka (3336) Grygar objevená 26. října 1971. Je také čestným předsedou České astronomické společnosti. V roce 2009 mu měla být udělena Cena předsedy Rady pro výzkum, vývoj a inovace, která je součástí projektu Česká hlava, spojená s finanční odměnou 500 tisíc Kč. Grygar ji však odmítnul přijmout, což zdůvodnil slovy:„Ta cena nese jméno Rady vlády pro výzkum, vývoj a inovace, která od července letošního roku soustavně poškozuje zájmy a dobré jméno Akademie věd České republiky, ve které pracuji. To je cena, kterou prostě nemohu přijmout.“