Der Name des Stadtteils lässt sich auf den - damals noch unbebauten - Acker auf den Pircken zurückführen, der 1485 erstmals urkundlich erwähnt wurde. Er wird vorzugsweise im Singular verwendet, kommt aber auch im Plural vor. Man kann sich daher in der Birken wie auch in den Birken befinden.
Der Stadtteil Birken grenzt im Norden am unterirdisch kanalisierten Sendelbach unter der Universitätsstraße und dem Wittelsbacherring an die historische Innenstadt. Im Osten und Südosten bildet die ehemalige Bahnstrecke nach Hollfeld und Thurnau (heute Fuß- und Radweg) die Grenze, im Süden hat sie sich durch den Bau des Wohnquartiers Quellhöfe in den 1960er Jahren teilweise zu den Kleingartenkolonien Exerzierplatz und Schwedenbrücke hin verschoben. Nach Westen begrenzt der Aubach mit dem Röhrensee den Stadtteil.
Die beiden Hauptachsen des Stadtteils sind in Nordost-Südwest-Richtung die Birkenstraße (nördliche Zufahrt) und die im rechten Winkel dazu verlaufende Hegelstraße (westliche Zufahrt). Die frühere Verbindung über die Straße Quellhöfe ist für Kraftfahrzeuge gesperrt. Die Zufahrt vom Universitätsgelände über die Wichernstraße ist Radfahrern und Linienbussen vorbehalten.
Nach dem Oberen Quellhof ist das Schloss Birken das älteste Bauwerk des Stadtteils. Ein erstes Gebäude an dieser Stelle lässt sich für die Zeit um das Jahr 1507 nachweisen. 1684 schenkte Markgraf Christian Ernst von Brandenburg-Bayreuth den Bauernhof seinem Hofmarschall Hans-Wilhelm von Erffa. Der ließ zwischen 1686 und 1692 das vorhandene Haus abreißen und durch einen Neubau ersetzen. Dieses, auch als Herrenhaus bezeichnete Gebäude, existiert noch, der daneben gelegene Gutshof Birken ist jedoch verschwunden. Im Mai 1952 entschied man, ihn aufzulassen, und im April 1954 wurde mit dem Abriss begonnen. Nach einer Zwischennutzung des Geländes als Gärtnerei wurde dort 1978 die halbkreisförmige Wohnanlage Schlosshof Birken errichtet.
Bis 1896 erfolgte keine weitere Bebauung. Damals wurde an der Lazarettstraße, der heutigen Hegelstraße, das Garnisonslazarett errichtet, in dessen Gebäuden sich das Zentrum Bayern Familie und Soziales, das ehemalige Versorgungsamt, befindet. In den ersten Jahren des 20. Jahrhunderts entstanden dort auch einige wenige Einzelgebäude.
Im Jahr 1936 wurde mit der SA-Siedlung Birken die planmäßige Bebauung des Gebiets in Angriff genommen. Zunächst nördlich der Hegelstraße (damals Straße der SA), zwischen Birkenstraße und Schellingstraße, ab 1938 auch südwestlich davon entstanden zwei diagonal gegenüberliegende Wohnviertel mit Doppelhäusern. An der Hegelstraße wurden sie durch einige deutlich größere, einzeln stehende Häuser ergänzt. Nutznießer der Eigenheimsiedlung, die bereits 1934 von der SA-Standarte 77 Oberfranken aufgrund des Siebert-Programms, eines außerordentlichen bayerischen Wohnungsprogramms, beantragt worden war, sollten „verdiente“ SA-Männer sein. Den Baugrund musste die Stein'sche Stiftung zur Verfügung stellen. Eigentümer der Gebäude mit Wohnflächen von 120 bis 140 Quadratmetern wurden Angestellte und Beamte aus der Mittelschicht.
Nach Plänen des Architekten Hans Reissinger sollte ein großer Teil der Bebauung im Bereich zwischen dem Hofgarten, der Birkenstraße, der Hegelstraße und der Ludwig-Thoma-Straße bis zum Dammwäldchen abgebrochen werden und dort, analog zu den Plänen in Berlin (Germania) und Linz, das bombastische Gauforum Bayreuth entstehen. Aus diesem Grund wurde ein Schreinereibetrieb von der Jean-Paul-Straße an den Anfang der Straße zum Exerzierplatz verlagert. In Hanglage gelegen mussten die Gebäude niedrig gehalten werden, um dem Führer den Blick zum Sophienberg nicht zu verstellen. Die Schreinerei, die im Erbbaurecht auf dem Gelände der Stein'schen Stiftung entstand, stellte die erste Bebauung am späteren Eichendorffring dar. An der Stelle befindet sich mit dem Alexander-von-Humboldt-Haus das Gästehaus der Universität
Die Nachkriegsbebauung erfolgte in mehreren Phasen, zentrale Versorgungseinrichtungen waren zunächst nicht vorgesehen. Die Baupläne waren bis in die 1960er Jahre weitgehend einheitlich, es entstanden Mehrfamilienhäuser, Doppelhaushälften und Einzelgebäude. Von da an wurden überwiegend Reihenhäuser gebaut, am nördlichen Eichendorffring auch größere Wohnblöcke.
Mit der Errichtung der südlich angrenzenden Universität ab 1974 wurden die verbliebenen landwirtschaftlichen Flächen des Frankenguts bebaut. Dort befindet sich die Fußgängerzone Emil-Warburg-Weg mit Studentenwohnheimen und einer kleinen katholischen Kirche. Unweit davon existiert als Nachfolger der historischen Schwimmschule seit 1964 das Freibad Kreuzsteinbad mit einem Wellenbecken, einem 10-Meter-Sprungturm und einer hohen Wasserrutsche.
Als Viertel im Viertel entstand in den 1960er Jahren das Wohnquartier Quellhöfe. Der Name lässt sich auf die historischen Quellhöfe zurückführen, von denen bereits 1611 eine Wasserleitung in die Innenstadt zur Versorgung von vier Brunnen gelegt worden war. Das Gut Oberer Quellhof ist im Jahr 1645 nachweisbar. Der Untere Quellhof in der Aubachsenke, im 17. Jahrhundert auch Fischhaus genannt, wurde 1937 aus Gründen des Trinkwasserschutzes abgebrochen.
Aus dem Jahr 1903 stammt das denkmalgeschützte Siechenhaus, das die stadtbekannte Bordellbesitzerin Anna Kratz als Freudenhaus errichten ließ. Freiherr Albrecht von Reitzenstein, der letzte Bauer auf dem Oberen Quellhof, verhinderte jedoch eine solche Nutzung des Gebäudes. 1906 sah sich die Eigentümerin gezwungen, das Gebäude unter Wert an die Ida Schmidt'sche Siechenhausstiftung zu verkaufen. Heute wird es als Wohnhaus genutzt.
In der Friedenstraße wurde 1961 zunächst ein evangelisches Gemeindehaus errichtet und 1969 die Friedenskirche geweiht.