Schon 1905 wurde geplant, eine weitere Pfarrei in Schwabing zu
errichten, um die Pfarrei St. Ursula zu entlasten. Die Kirche im
Stil der Neuen Sachlichkeit ist von Eduard Herbert und Otho Orlando
Kurz. Sie steht heute unter Denkmalschutz, ebenso wie die
umgebenden Wohnbauten zu beiden Seiten der Karl-Theodor-Straße von
denselben Architekten.
Am 10. November 1929 wurde St. Sebastian geweiht. Am 27. Juli
1944 wurden die Kirche und das Pfarrhaus bei Luftangriffen nur
knapp von drei Phosphorkanistern und zahlreichen Brandbomben
verfehlt, ein Kanister schlug jedoch im linken Seitenschiff ein. Am
31. Juli 1944 wurde die Kirche fast vollständig durch Brandbomben
zerstört. Nach dem Krieg wurde sie wieder aufgebaut, 1964 wurde der
Kircheninnenraum renoviert und neu gestaltet.
Die Kirche engagiert sich besonders in der Jugendarbeit. Es gibt
zahlreiche Veranstaltungen wie z.B. Kinderfasching oder Kino im
Pfarrsaal. Im Schmuckhof findet regelmäßig die Ausgabe von
Lebensmitteln durch die Münchner Tafel statt.