Tot i que l'aspecte de l'edifici es troba força afectat per reformes molt tardanes, és indubtable l'existència d'elements alt-medievals en la seva estructura.
El temple és d'una gran nau amb absis trapezial, preromànic en part. L'antiga parròquia de Sant Joan, que havia estat del monestir de Sant Pere de Rodes, passà a sufragània a Santa Maria de Castelló d'Empúries (1596).
La cel·la de Sant Joan és esmentada el 866 com a depenent de Sant Esteve de Banyoles però sembla que existia des de molt abans. Aquesta i altres comunitats dels voltants foren motiu de litigi entre Sant Esteve de Banyoles i Sant Policarp de Rasés, al Llenguadoc. El 878 és assignada a Banyoles. El 944 és donat a Sant Pere de Rodes. El 1064 es consagra una nova església, que al segle XIII consta com a parròquia.
L’amagatall conté:
- un nas de pallasso
- un llapis
- un certificat