Židovské osídlení Brandýsa je uvádeno do pocátku 16. století. Již v roce 1515 je zde doložena prvá synagoga – drevená budova krytá šindelem, která stála ve dvore obytné budovy. V polovine 16. století židovská obec na cas zaniká. V roce 1559 jsou Židé z Brandýsa vypovezeni a 18. cervence toho roku odcházejí do exilu, do Poznane. Mezi lety 1564 – 1567 se pak do Brandýsa židovské rodiny postupne vracejí. Avšak synagoga spolu se židovským mestem byla vojáky v roce 1622 vypálena. V roce 1656 je stále uvádena jako pustá, není však jisté, zda se nejedná o ruiny synagogy, která byla po požáru v roce 1622 již obnovena. K další obnove došlo v roce 1657, za 130 let na jare 1787 opet do základu vyhorela. Další budova byla menší, vyhorela ovšem také. Stalo se tak roku 1827. Tehdy shorel nejen byt rabína, ale i celý archiv židovské obce. Soucasná budova byla postavena 3 roky po požáru. Je to prostá klasicistní budova, netradicne orientovaná k severosevero-východu s dvoupatrovou ženskou galerii. Bohoslužby se v ní konaly do 2. svetové války. A protoze po válce nebyla v Brandýse židovská obec obnovena, prešla budova do majetku státu a byla adaptována na skladište. Od roku 2002 ji využívá Židovské muzeum jako depozitár.